Nach dem Aufstieg der U17 in die B-Junioren Bundesliga ist nun auch der Aufstieg der U16-Junglöwen in die U17-Bayernliga besiegelt. So befinden sich in der Saison 2020/21 wieder alle Junglöwen-Teams, mit Ausnahme der U19, in den höchstmöglichen Spielklassen.
Aufgrund des Saisonabbruches der Spielzeit 2019/20 wird es in der neuen Saison zu einer Neustrukturierung der U17-Bayernliga kommen. Es wird eine zweigleisige Liga mit einer Bayernliga Süd und einer Bayernliga Nord und jeweils 9 Teams entstehen. Die U16 rutschte aufgrund des Meldeligensystems und des Vorjahresquotienten somit in die Gruppe Süd als Aufsteiger hinein.
Die FC Ingolstadt U17, FC Augsburg U16, FC Bayern U16, FC Memmingen U17, SpVgg GW Deggendorf U17, SV Wacker Burghausen U17, FC Stätzling U17 und die TSV 1860 Rosenheim U17 komplettieren die Liga. Eine Auf- und Abstiegsregelung aus dieser Liga ist noch nicht beschlossen.